Kao zasebna pravna osoba, JU „PRIRODA Varaždinske županije“ započela je svoj kontinuirani stručni rad početkom 2001. godine i jedna je od prvih takvih županijskih ustanova koje su osnovane u Republici Hrvatskoj.
Javna ustanova „PRIRODA Varaždinske županije“ je osnovana u lipnju 1999. godine donošenjem Odluke o osnivanju Javne ustanove za upravljanje zaštićenim dijelovima prirode na području Varaždinske županije (Službeni vjesnik Varaždinske županije, broj 10/99, 22/99, 27/04, 30/04 – pročišćeni tekst, 29/06, 5/07 – pročišćeni tekst, 48/09 i 47/14), u skladu s odredbama Zakona o zaštiti prirode i Zakona o ustanovama. Osnivač javne ustanove je Varaždinska županija.
Ustanova obavlja djelatnost utvrđenu zakonom, odlukom o osnivanju i statutom ustanove. Osnovna djelatnost ustanove je zaštita, održavanje i promicanje zaštićenih područja i drugih zaštićenih prirodnih vrijednosti na području Varaždinske županije u cilju zaštite i očuvanja izvornosti prirode, osiguravanja neometanog odvijanja prirodnih procesa i održivog korištenja prirodnih dobara, nadzor provođenja uvjeta i mjera zaštite prirode na područjima kojima upravlja, te sudjelovanje u prikupljanju podataka u svrhu praćenja stanja očuvanosti prirode (monitoring).