Klub bilježi svoj prvi uspjeh u drugoj sezoni osvojivši 2. ŽNL Varaždinsku 2012./13.. U sezoni 2014./15. NK Varteks završava na 4. mjestu, ali ipak ostvaruje promociju u MŽNL Čakovec-Varaždin.
U sezoni 2016./17. NK Varteks završava na 2.mjestu te ostvaruje promociju u 3.HNL Istok.
Sezonu kasnije Varteks završava na posljednjem mjestu 3. HNL Istok i ponovno se vraća u MŽNL Čakovec-Varaždin. U ljetnom prijelaznom roku u klub dolazi bivši igrač ‘starog Varteksa’, prekaljeni Veldin Karić.
U tekućoj sezoni ‘Bumbari’ se nakon jesenskog dijela prvenstva nalaze na prvom mjestu sa 38 bodova, 3 više od drugoplasirane Bednje.